Ultima participação nacional foi a Copa do Brasil de 2003

O Fluminense participou pela última vez de uma competição nacional em 2003, quando disputou a Copa do Brasil e foi eliminado pelo seu homônimo carioca. Na primeira partida no Jóia da Princesa houve empate em 1 x 1 e no segundo jogo no Maracanã, no Rio de Janeiro, o tricolor feirense foi goleado por 4 x 1.
A última vez que o Flu participou de um campeonato nacional foi em 2002, quando disputou o Campeonato Brasileiro da Série C, ao lado do Palmeiras/NE, Itabaiana/SE e o Colo-Colo. Naquele ano, o tricolor estreou em casa no dia 25 de agosto empatando em 1 x 1 com o Colo-Colo e encerrou a primeira fase vencendo o Tigre por 2 x 1 jogando em Ilhéus. O time se classificou para a segunda etapa e foi eliminado pelo Ipatinga/MG.
Confira a trajetória do Fluminense, que na classificação geral ficou com 28º lugar naquela competição:


25/08/02 Fluminense 1 X 1 Colo-Colo Jóia da Princesa
01/09/02 Itabaiana 1 X 0 Fluminense Presidente Medici
07/09/02 Palmeiras 0 X 0 Fluminense Jóia da Princesa
10/09/02 Fluminense 1 X 1 Palmeiras Jóia da Princesa
18/09/02 Fluminense 2 X 1 Itabaiana Jóia da Princesa
28/09/02 Colo-Colo 1 X 2 Fluminense Mário Pessoa



1º Itabaiana (SE) 10 PG

2º Fluminense (BA) 9 PG

3º Palmeiras (BA 9 PG

4º Colo-Colo (BA) 9 PG

04/10/2002 – Fluminense 1 x 3 Ipatinga/MG

09/10/2002 - Ipatinga/MG 2 x 0 Fluminense